Le prime notizie su una cappella a Villa risalgono alla Visita Pastorale del 25 agosto 1533, quando il vescovo concedeva un’indulgenza a chi si prestasse per il mantenimento della fabbrica e luminaria della chiesa dei ss. Fabiano e Sebastiano a Villa.
Da una successiva visita, fatta nel 1547, la si dice esistente fin dal 1526. Così è descritta la chiesa nella visita del vescovo Jacopo Rovellio fatta il 10 settembre 1585: Si visitò dei Santi Fabiano e Sebastiano di Villa, avea una sol porta verso occidente - una finestra verso settentrione. Il pavimento di cemento: le pareti dipinte [affrescate], il presbiterio a volto e dipinto, l’altare con varie scolture dorate e in legno. Gli altari laterali dovevano esser levati via. La sagrestia era a mezzodì. - Avea una campanella con un capitello a cornu evangelii (Morizzo 1991, p. 80). Da quanto sopra riportato, si viene a sapere che a quella data la chiesa era dotata di vari altari lignei, di cui il maggiore, dorato e con sculture, aveva affreschi alle pareti, invece non c’era ancora il campanile. Nel 1633, dopo un’inondazione del Chieppena, la piccola chiesa fu ricostruita, forse ampliata, e con molta probabilità affiancata da un primo campanile che, come si vedrà più avanti, sarà completato nel 1667. Eretta a beneficio nel 1704, la chiesa fu nuovamente ricostruita e ampliata tra il 1846 e il 1850, assumendo quelle forme e dimensioni che furono gravemente lesionate durante l’alluvione del 1966.
